前回同様にプラグイン・サイレントバージョン作成過程で気づいたTipsです。 オリジナルのプラグインでは、次のマクロコマンドでウィンドウで開いたRGB画像を3チャンネルに分割していました。 IJ.run("Split Channels") →アクティブウィンドウの画像を3Ch.の…

またまた、プログラムをいじっていてハマった点です。 ImageJのスクリプトで画像データをもとに白と黒の二値画像のマスクを作るプロセスがあります。具体的には次のような画像です。 二値化画像 上の画像から下の二値化画像を得るために、当初記録したマクロ…

現在ここのサイトで公開しているImageJ用プラグインスクリプトは、基本的にImageJでマニュアル操作を行ってマクロを記録し、それをPython (Jython)で書き換え、さらに、ファイル選択などのダイアログなどを書き加えて作成しています。 ただ、この方式だと常…

Python (Jython) を使ってImageJ用のプログラミングを始めるために参考になるサイトのリンクです。なお、Jythonは、Python2.7ベースです。

以下に、ImageJにおいて、Jython (Python)を使って汎用の入力ダイアログボックスを使う方法について書かれたブログがありました。

Pythonを使った、ImageJのプラグイン・スクリプトを編集して、一点気付いたことがあります。それはImageJで直接ファイルを開く場合と、bio-format Pluginを経由してファイルを開く場合で、ファイル名の扱いに違いがあるということです。 実は、先日自作のプ…