Python
最近、Excel を Python から操作するライブラリ Openpyxl をいじる必要があってその個人的メモです。Openpyxl の特徴としては、Excel 本体がなくても動くという点です。したがって、Linux などで Excel ファイルに対してバッチ処理を行うのにも使えます。 但…
現在 Visual Studio Code を活用して、自分のPythonプログラムを書いていますが、下記のサイトで推薦されている拡張機能が有益でしたので、自分の備忘録としてリンクを載せておきます。 qiita.com なお、こちらで紹介されている拡張機能は下記です。 1. Erro…
Pythonでは辞書型変数を関数の引数に使用することができます。 例えば、次のような関数を設定します def routine1(x, dic1): 中身 return a.... この時、dic1 は辞書型変数だとします。 これをメインでdic1の中身を定義し(例えば dic1 = {"Key1":1, "Key2":2…
Pythonで、文字列内のすべての ( ) の前後に空白が入っていなければ、前後に空白を挿入する文字列処理プログラムを考えてみました。但し、 ( が行頭にあったり、) が行末にあったり、カンマ、ピリオド等の句読点が連続する場合は、空白を入れません。一旦、…
Pythonで文字列処理をやっていたところ、またはまりました。個人的な備忘録として記録しております。今、stringという変数に 'abcde(fg)h.' という文字列を入れておきます。この文字列の ) の直後に空白を挿入するプログラムを以下のように書きました。 ----…
先日Pythonで文字列処理のスクリプトを書いてハマりました。やろうとしていたのは、テキストファイルを読込み、そこから辞書型変数にテキストファイルからキーと、変数の内容を取り込もうとしたのでした。 で辞書型変数にデータを取り込んだところまでは良い…
ImageJの画像の型はImagePlusのgetTypeメソッドで取得できます。その種類は、 現状では、GRAY8, GRAY16, GRAY32, COLOR_RGB, 及び COLOR_256です。GRAY8はグレースケール(もしくは色チャンネル単独)で8bit (0-255の値を取る)、GRAY16はグレースケール(もしく…
ImageJのAPIリファレンスはアメリカ国立衛生研究所 (National Institute of Health: NIH)のサイトにあります。なお、最近当ブログで書いたようにAPIドキュメントのURLがこの3月下旬に微妙に変わっています。 NIH ImageJトップサイト imagej.nih.govImageJ De…
前回修正したものを公開した、ImageJ対応 汎用色チャンネルマスク画像作成ツールのバグですが、以下のようなものでした。 二値化マスク作成の際クリップされる範囲 要は、左端と上端に、ROIが一切かからない x または y の範囲が存在すると、その部分が二値…
再び、MRC分子生物学研究所で公開している、ImageJの対話的ダイアログのサンプルプログラムの紹介です。今日は、ROI (注目領域、選択範囲)を対話的に設定するダイアログです(Create a UI: open a window to edit the position and dimensions of an ROI)。画…
今回取り上げるのは「Managing UI-launched background tasks (ユーザインターフェースから起動するバックグラウンドタスクのマネージング)」というサンプルプログラムです。このプログラムは、前回と全く同様、プレビュー画面で画像を拡大したり縮小するこ…
最近、NIH (アメリカ国立衛生研究所) のサイトにある、ImageJのAPIリファレンスのURLが微妙に変わっています。3月下旬ごろ変更されているようです。そのため、GoogleでImageJの個々のAPIを検索を掛けると 404 File not found! エラーが出てしまいます(Google…
今まで、ImageJを使った自作の画像処理のプログラムを公表してきていますが、どうもユーザインターフェース周りが苦手です。自分のためだけにプログラムを書くには、自分が一番よく分かっていますので、インターフェースに神経を使う必要はありません。しか…
ImageJのコマンドに上端と下端に閾値のある一定範囲の明度で区切られたマスクを作成する、Thresholdコマンドがあります。 メニュー→ [Image]→ [Adjust]→ [Threshold] ImageJ Thresholdコマンド実行状態 これを Pythonのスクリプトで書くにはどうしたら良いで…
[2021.12追記: 誤りがありましたので一部記述を訂正しました] ImageJでPython (Jython) を使って画像の個々のピクセルにアクセスし、そこに記されている輝度(明るさ)の値を取得したり、設定(書換え)する方法についてのメモを記しておきます。 ■ピクセルの輝…
これも個人的備忘録です。 ImageJ上でJythonを使ってunicode文字列(このケースは日本語を含むファイル名)をprintで出力しようとすると... ログコンソールがUnicode文字に対応していないので次のような表記になります。 文字列の頭に「u'」が付きますが、これ…
ImageJのImageCalculatorは、2つの画像の間で演算を行う機能です。この機能も、当然ながらマクロで記録することができ、そのマクロを再生して動かすことが可能ですが、Python (Jython) を使って IJ.runでそのマクロを書き換えるとうまく動きません。おそらく…
現在ここのサイトで公開しているImageJ用プラグインスクリプトは、基本的にImageJでマニュアル操作を行ってマクロを記録し、それをPython (Jython)で書き換え、さらに、ファイル選択などのダイアログなどを書き加えて作成しています。 ただ、この方式だと常…
Python (Jython) を使ってImageJ用のプログラミングを始めるために参考になるサイトのリンクです。なお、Jythonは、Python2.7ベースです。
以下に、ImageJにおいて、Jython (Python)を使って汎用の入力ダイアログボックスを使う方法について書かれたブログがありました。
