■ 画像のBit 深度、型変換
・8-bit へ変換
IJ.run(imp, "8-bit", "")
最後の、「 ,"" 」 が要注意です。
・16-bit へ変換
IJ.run(imp, "16-bit", "")
・32-bit へ変換
IJ.run(imp, "32-bit", "")
・24bit (8bit x 3) RGB Color (ColorProcessor) へ変換
IJ.run(imp, "RGB Color", "")
いずれも以下のインポートを前提としています。
from ij import IJ
なお、深い bit 深度から浅い深度に変換する場合は、自動的にスケールを変えてくれますが、浅い方から深い方へ変換する場合は、変えてくれないようです。したがって、自分で Multiply コマンドをかけるなどして変更する必要があります。これについては、以下をご参照ください。
なお、ImageProsessor に bit 深度変換を行うメソッド、例えば、convertToByteProcessor, convertToShortProcessor, convertToFloatProcessor, convertToColorProcessor というものがあって、これを使って変換をしようとも思いましたが、RGB スタック形式の画像の場合、非常に面倒くさくなるので止めました。というのは、一つの ImagePlus の中では bit 深度の異なる ImageProcessor の同居を許さないようなので、当初、スタックを取得して、順々に ImageProcessor の変換を行うことを試みたのですが、失敗しました。
もしやるなら、各チャンネルを一旦バラバラの ImagePlus に分割し、各チャンネルの ImagePlus の bit 深度を変更した上で、そこから ImageProcessor を取り出し、それをスタック形式の ImagePlus にまとめる、というような手順が必要になりそうなので、非常に面倒くさくなります。 IJ.run を使って bit 深度変更をしたほうがはるかに簡単です。
またこれもすでに指摘しておきましたが、32bit 画像を変換する場合は、予めディスプレイ範囲をきちんと定義しておかないと、bit 深度変換時におかしな結果になります。
■ IJ.run(......) で使えそうなコマンドの当たりをつける
IJ.run() は、ImageJ のマクロコマンドを実行するメソッドですが、この ( ) の中にどのようなコマンドが使えそうなのかは、ImageJ のマクロメニューの [Record...] を使うと当たりをつけることができます。
上の、 [Record...] を選んで、ImageJ 上で操作を行うとマクロが記録されます。例えば、Prosess メニューから画像の掛け算を実行してみます。
実行すると、下記のようなマクロが記録されます。
このマクロを応用し、IJ.run で、対象となる ImagePlus を引数として加えた上で、マクロの引数をそのまま引用すると....
IJ.run(imp, "Multiply...", "value = 1.250 stack")
ちゃんと実行できます。
ただ、時々この方式でちゃんと走らない場合があります。例えば上で紹介した bit 深度変更のコマンドですが、マクロで記録すると、以下のようにしか記録できません。
run("8-bit")
なので、
IJ.run(imp, "8-bit")
とやってみると、エラーになります。何故か最後に、
IJ.run(imp, "8-bit", "")
と空白 "" の引数を追加で入れないといけません。
さらに、必ず macro の引数は文字列で与えてやる必要があります。
また、時々、ImagePlus を最初に引数として取れないケースもあります。ただ引数として指定しなくてもカレントの ImagePlus に対して実行できる場合もあるようです。以下のページをご覧ください。
また、IJ.Run(... で動かせないマクロコマンドもあります。このあたりはネットで検索するしかありません。
