2022-06-23 Python - ImageJ/Fiji Cookbook サンプルへのリンクの翻訳 ImageJ / Python プログラミング ImageJでPythonを使ったときにプログラミングを行う際に、非常に役立つサンプル集であり、neubias (network of european bioimage analysts) によって維持されていると思われる、Python - ImageJ/Fiji Cookbook ですが、サンプルへのリンクの翻訳を作っておくと役立つのではと思い、以下に作成しておきます。 Python + ImageJ, Fiji Cookbook Jython インタープリター +-符号付/符号なし値への相互変換 bitwise & operatorを使った符号付/符号なし値の変換 ImageJ2 / SciJava 他のスクリプトから別のスクリプトを呼び出して実行する データ入出力 対話型操作でパスの情報を取得する 今開いている画像のあるディレクトリ名を取得する ファイル名からメタ情報を取得する正規表現 ファイルシステムから画像を読み込む 画像の属性(プロパティ)を取得する パス操作 テキストファイルを文字列として読み込む 文字列をテキストファイルに保存する CSVファイルを読み込む CSVファイルに保存 (データ・テーブル) 一連の画像を読み込むために複数のファイルにアクセスする Virtual Stackクラスを通して tiffのスタックにアクセスする tiffのスタックをVirtual Stackとして見る ハイパースタックを別々の2次元ファイルに保存 別々の画像をハイパースタックとして読み込む ファイルが作られるまで待つ CSVファイルをインターネットからダウンロードし手元のコンピュータに保存 JSON オブジェクトを作る タイムスタンプ文字列を発生させる 配列 (リスト) リスト変数の要素を追加する リスト変数を連結する 配列の余計な要素を削除する ImagePlus配列 Java 配列型の変換 リスト変数の複合ソート (Combined Sort) 2つの配列を同時にループする イベントリスナー GUI: ユーザの操作を待つ ハッシュマップ Python Java ImageProcessor 関連 キャンバスのサイズ変更 型変換 チャンネルスプリッター チャンネル合成 Zプロジェクション 2値マスクを作る際の閾値 ROI マネージャー 複数のROIの結合 マスクから範囲選択へ (二値から選択) 3D スタックにオーバーレイを追加 (ROI からオーバーレイへ) マネージャーでROIをSVG ファイルに出力 自動明るさ/コントラストボタン あるスタックで特定の値を使ってピクセル数を数える RGB (カラー) イメージ, 各チャンネルのコントラスト増幅 3D イメージを ImgLib2 を使って変換 フィルター 二値 ランクフィルター ガウスぼかし Background Subtraction 背景の値の引き下げ (ローリングボール法) イメージカルキュレーター ユークリッドの距離マップによる領域分割 (Watershed) 最大値の発見 (+ RGB 合成) フィルター3D 分析 記述統計 粒子分析 外側 (Outliers) の検出 カーブ適合 (Fitting) 3D ビュアー 回転, ズーム 4Dでタイムラインにアクセスする 動画保存における複合設定 3Dビュアーの結果テーブルにあるXYZの位置を可視化する プラグイン: LOCI バイオフォーマット (BioFormats) CZI ファイルのインポート CZI ファイルにおける画像データセット数を数える XMLでOME-TIFFメタデータを書き換える プラグイン: FeatureJ ラプラス変換 プラグイン: Extended Depth of Field [深度合成] (簡単モード) プラグイン: 連結領域発見 (Find Connected Regions) プラグインを使う プラグイン: 異方性拡散プラグイン プラグイン: Advanced Weka Segmentation (機械学習領域識別プラグイン) ROIからサンプルを追加 ARFFデータファイルの統合 別の方法によるARFFデータファイルの統合, 機械学習と識別の適用 プラグイン: CLAHE プラグイン: グレースケール形態分析 (Gray Morphology) プラグイン: 輪郭のスムーズ化 (Shape Smoothing) プラグイン: 自動閾値 (Auto Threshold) プラグイン: 自動ローカル閾値 (Auto Local Threshold) GLCM (テクスチャ分析) プラグイン: MiToBo h-dome 変換 プラグイン: MorphoLibJ 距離変換領域分割 3D (Distance Transform Watershed 3D) 3D連結領域のラベル付け (Connected Component 3D labeling) 境界オブジェクトの切除, 2Dバイナリー画像 (Kill Border Objects, 2D Binary image) Plugin 3D ImageJ Suite 球面上の 3D ROI 位置の測定 R: Rを使った多重ピーク調整 (Multi-Peak fitting) その他のサンプル Jythonからマクロファイルを実行する ImageJ マクロのキーワードと機能 インターフェースの実装 シェル・コマンド docker デーモンが走っているかどうか? JAVADOCS --------------------- yasuo-ssi.hatenablog.com
