ImageJ / Fiji cookbook と並んで ImageJプログラミングの重要な参考サイトである、イギリス MRC分子生物学研究所サイトで公開している A Fiji Scripting Tutorial に関しても、インデックスを翻訳しておきます。
Index
- 始めよう
- はじめての Fiji スクリプト
- イメージの属性やピクセルを確認する
- ImagePlusに対し、ImageJ / Fijiプラグインを実行する
- イメージと関心領域(ROI = 指定範囲) を作成する
- イメージスタックの作成及び操作
- 人とのインターフェース: ファイルとオプションダイアログ, メッセージ, プログレスバー
- バッチプロセス
- 作成したスクリプトをプラグインに転換する
- リスト, ネイティブ配列, およびリストや配列をJavaクラスに渡す
- どんな種類のイメージでも動く汎用アルゴリズム: Imglibを使う
- ImgLib2: 汎用かつパフォーマンスの高いイメージ処理プログラム
- 画像レジストレーション
- 位相補正を用いた, 高速の座標変換 (translation) のみの画像レジストレーション
- SIFTを用いた特徴の抽出: 変換転換 (translation transform)
- 転換モデル
- Intermezzo: あるイメージを別のイメージに転換する (transform)
- SIFTを用いた特徴の抽出: 類似性転換 (similarity transform)
- カスタム機能: 特徴の抽出を解明する
- 連続レジストレーションの改善: 隣接しない時間点で対応する特徴を発見する
- カスタム機能を使ったグローバルに最適なレジストレーションをテストする
- ImgLib2 図像を N5 フォーマットに保存する
- プロット, チャート, ヒストグラム
- 大容量ファイルの取扱い
- イメージ間の数学的操作
- ImgMath: ローレベルのピクセルベースの操作を構成するためのハイレベル・ライブラリー
- エッジ検出: ImgMathを使ったカーネルで畳み込み (convolution)
- ImgMathからの積分イメージのブロック読み出し
- ImgMathで積分イメージを作成する
- Intermezzo: WEKA ライブラリーを使った機械学習
- ImgMath と WEKA 機械学習ライブラリーを用いた分節化
- ImgMath と WEKAを使った神経組織の電子顕微鏡写真のセグメント化
- ImgMath と imglib2を使って積分イメージからバーチャル・イメージ・ピラミッドを作成する
- イメージ・ピラミッドを ImgLib2を使って作成する
用語
画像レジストレーション:
ある物体等を、画角や撮影位置を変えて撮影した複数の画像の座標の位置を変換して合わせて1枚の画像に合成したり、座標位置を揃えた複数の画像に直したりする操作。複数の画像からパノラマ画像を合成するのも画像レジストレーションの一種。
積分イメージ Integral Image:
Summed-area table (範囲総和テーブル)とも言われる。イメージとしては、各座標ごとにピクセル値の入った行列があるとすると、画像の座標の左と上と自身のピクセルを足したものをその座標のピクセルの値とした表を作る。この表をある画像について作っておくと、任意の矩形範囲の平均値を高速に求めることができる。この平均値を使って例えばぼかしなどを画像に高速に掛けることができる。
-----------------
