Linux上のImageJには、画面から外れた メニュー (特にメニューの長い Plugins メニュー )を選択することができないという既知のバグがあります。WindowsやMac OS では、画面から外れたメニューに関しても ▼ マークが表示され、そこをクリックすると隠れていたメニューに進むことができますが、Linux では表示されず隠れているメニューに進めません。
ユーザが作成した Python プラグインは、メニューの下の方に表示されるので、Linux 上で Bチャンネル補正法による画像補正を行おうとすると大きな問題になります。また ImageJ はメニューのカスタマイズも難しいようです。
この対策として下記に情報がありました。
https://forum.image.sc/t/view-full-plugins-drop-down-when-running-fiji-in-linux/37174/4
ImageJのメニューの [PlugIns] → [Utilities] → [Control Panel] を選ぶと、以下のようにコントロールパネルが現れます。
ここに、プラグインのメニューが現れますので、ここからメニューをたどっていくと、起動したいプラグインにたどり着くことができます。
ImageJは添付されている JRE (Java実行環境)が異なるだけでコードは同じなので、基本的には JRE のバグの問題かと思われますが... どうも Java はWindows上が一番確実に動作するようです。