[追記]
ImageJ 1.54 バージョンアップに伴う問題を解決したバージョンを以下に公開しました。旧バージョンをお使いの方はこちらと入換をお願いします。
なぜ不具合が出たのか知りたい方は以下の記事もご参照ください。
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2023年7月に ImageJ / Fiji 本体のバージョンアップ(1.53 → 1.54) が行われましたが、このバージョンアップに バグ 仕様変更があります。7月中に3回ほどバージョンアップが行われたようですが(7/10, 7/11, 7/25)、いずれも直っていません。なお、この現象は Windows, Mac OS では確認しましたが、Linuxでは未確認です。しかし Java のバイナリは共通なので、おそらく同様な問題が起こるものと思います。
具体的には、16bit 画像において ImageProcessor の画像にガンマを掛けるメソッドの結果が、1.53 と 1.54 では異なっており、1.54 で走らせるとおかしな結果になってしまいます。拙作の補正ツールでガンマ補正を掛けるメソッドを使っておりますので、7/10以降のバージョンを使うと得られる結果が以前と異なってしまい、十分な補正効果が得られません。ただし、8bit 画像では問題が出ていません。
いずれこの問題は解決されるものと思われますが、当面、これから拙作の補正ツールの使用を考えておられる方は、最新バージョンを使用するのではなく、以下のアーカイブページから、2022年12月バージョンをダウンロードしてご使用ください。
また、既に ImageJ をご使用の方は、自動アップデートを行わないでください。もし7月10日以降自動アップデートを行ってしまった場合は、やはり、上のサイトから2022年12月バージョンをダウンロードしてください。このファイルの中の Fiji.app フォルダの下に、jars というフォルダがあります。その中に、ij-1.53t.jar というファイルがありますので、バージョンアップしてしまった既存の Fiji.app フォルダの下の jars フォルダの中にある、ij-1.54*.jar というファイルと置き換えてください。